甘肃省微生物学会原名中国微生物学会兰州分会。在王文义、马馥庭倡议下于1951年开始筹备，当时有中国微生物学会老会员7名，于1952年11月14日在兰州正式成立中国微生物学会兰州分会，专业范围除微生物学科外，还包括病理学和寄生虫学。成立之初，共有会员16名，除甘肃省兰州市会员外，还包括陕西省会员6名。

第一届理事会于1953年6月正式成立，由理事长王文义和6名理事组成，1953年底共发展新会员50名。1962年11月会员登记，共有会员59名。1963年5月调整理事会，王文义连任理事长，挂靠在兰州生物制品研究所。此时病理学和寄生虫学科因相继成立独立的学会而由微生物学会分出，调整后共有会员49名。至1964年10月6日，共有会员56名。

1966年后学会活动中断。1980年8月6日，学会在理事长王文义、副理事长齐长庆两位教授积极联系下，恢复活动。在原理事会基础上，增补董树林为副理事长、张曼奇为秘书。学会恢复活动后，立即着手调查登记会员，积极发展新会员，至1981年7月9日，我会共有会员112名。

1981年中国微生物学会兰州分会在兰州召开会员代表大会暨学术年会，选举产生第二届理事会。由19名理事组成。理事长为王文义副理事长有齐长庆、董树林、傅增祺、杨圣典，秘书长为白植生。理事会下设医学、兽医、工业、农业四个微生物学组及会务组。

1983年甘肃省科协学会部根据中国科协1982年组织工作的决定精神，通知我会名称改为“甘肃省微生物学会”，并向省科协学会部换领了印章。至1988年1月16日，我会共有会员202名。1988年1月在兰州召开会员代表大会暨学术年会，选举产生第三届理事会理事19名。理事长为董树林，副理事长张秉一、白植生，秘书长张曼奇。

1963年5月9日，我会在兰州举行第一次学术报告会，出席人数45人。1981年2月，我会与卫生部兰州生物制品研究所联合举办“微生物遗传实验方法实习班”， 参加听课者187人次。1981年8月，甘肃省微生物学会在兰州召开第一届会员代表大会暨学术年会，参加会议代表69名。1984年1月在兰州召开第二届会员代表大会暨1983年度学术年会,正式代表36名代表了24个会员所属单位的147名会员。1988年1月13日～16日，我会在兰州召开1987年会员代表大会暨学术年会，参加代表34名，收到论文17篇，编印“论文汇编”一册，发给每位会员。1990年12月31日止，我会原有会员办理了重新登记手续，加上新发展会员，领取了新会员证并纳入中国微生物学会《全国会员名录》者共计227名。