国家自然科学基金委员会科学部专家咨询委员会旨在完善国家自然科学基金管理工作专家咨询系统，保障科学部资助决策的科学性。科学部专家咨询委员会负责对科学部的优先领域和资助格局、重大研究计划和重大项目立项、学科发展战略等具有战略性的资助决策与管理工作提供咨询建议和指导性意见。 科学部专家咨询委员会主任由科学部主任兼任。委员实行任期制，主要由相关领域的战略科学家组成。自2002年以来已组建三届科学部专家咨询委员会，第三届成员由137位专家组成。