江西省农业科学院农业应用微生物研究所是江西省唯一的省级食、药用菌科研单位，承担着全省食用菌技术支撑工作，主要在新品种引进、筛选、驯化和示范推广；新基质、新材料的开发利用；高产、高效、无公害栽培技术的研究；科技产品的开发；食用菌技术推广及技术咨询等领域开展工作，在全国食用菌行业中具有较大的影响。全所现有职工35人，其中高级职称7人、中级职称12人、初级职称10人。拥有现代的科研大楼、先进的科研仪器设备和试验研究基地，建设有专业的食用菌研究室和微生物实验室，也是江西省食用菌协会挂靠单位。本所自成立以来共承担各级科研项目50多项，获各类科技奖20多项，出版科技著作20余部，发表科技论文100余篇。每年向省内外提供优质食用菌菌种：一级种5万余支，二级种60万瓶（袋），三级种300万袋，培训学员1万余人，取得较好的经济和社会效益。下设机构及工作职能有：

办公室

组织制定研究所中、长期发展规划；组织策划全所重要工作和重大活动，全面负责研究所日常事务，协调各部门间的工作；组织各职能部门制订有关规章制度、汇编全所规章制度，起草综合性文件。

研究室

进行常规、珍稀食用菌的研究与开发和野生真菌种质资源的收集与驯化；开展工厂化周年栽培模式研究；新品种引进、筛选、驯化和示范推广；进行微生物农药、生物固氮菌、生物肥料和动物饲料添加剂（酵母菌、黑曲霉）研究。

科技开发部

开展食用菌栽培技术培训；生产、加工、销售灵芝、虫草等系列科技产品和珍稀食（药）用菌干品和鲜品；生产与销售常规食用菌菌种和食用菌相关原材料。