柯城区人民检察院于1985年8月成立。1986年4月，设办公室、刑事检察一科、刑事检察二科、经济检察科、法纪检察科。1989年，增设控告申诉检察科和经济罪案举报站。1990年9月，增设政工科，同时经济检察科改称为贪污贿赂侦查局。1992年11月，增设监所检察科、驻省一监检察室。1996年，贪污贿赂侦查局改称为反贪污贿赂局，并增设民事行政检察科、调研科。1997年11月，原政工科、刑事检察一科、刑事检察二科分别改为政治处、审查批捕科、审查起诉科。2002年，区划调整后，驻省一监检察室划归衢江区人民检察院。同年6月，审查批捕科、审查起诉科、法纪检察科、调研科分别改为侦查监督科、公诉科、渎职侵权检察科、法律政策研究室，增设检察技术科、职务犯罪预防科。2006年，渎职侵权检察科改为反渎职侵权局。2010年，设立花园检察室，至2010年底，柯城区人民检察院内设有政治处、办公室、法律政策研究室、侦查监督科、公诉科、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所检察科、民事行政检察科、控告申诉检察科(含举报中心、刑事赔偿办公室工作)、监察室、职务犯罪预防科、检察技术科、花园检察室、法警队等15个科室，在职人员64名，其中大学本科以上学历的60名，硕士研究生6名。

近年来，柯城区院在区委和上级检察机关的领导下，在区人民代表大会的监督下，忠实履行法律监督职责，坚持“立检为公、执法为民”宗旨，围绕“强化法律监督，维护公平正义”的要求，脚踏实地做好各项检察工作，开展了很多有益的探索，建成并启用新办案技术综合楼，为执法办案奠定坚实的物质基础，完成电子信息系统机房及办案工作区的规范化建设，研发了固定资产查询系统等软件管理平台，实行网络化运行、规范化管理，保障办案工作规范安全进行。柯城区院的努力得到上级检察机关和人民群众的充分肯定。 1999年本院被浙江省检察院命名为“省级文明检察院”；2000年本院被浙江省人民检察院命名为“五好”检察院，同年被最高人民检察院授予“人民满意的检察院”称号；2001年本院机关党支部被中央组织部授予“全国先进基层党组织”称号，被浙江省委授予“省级先进基层党组织”称号；2005年被浙江省检察院命名为“先进检察院”； 2008年被高检院评为全国检察机关“文明接待室”；2009年被中共浙江省委、浙江省人民政府评为浙江省文明单位。荣誉归于历史，奋斗铸就辉煌，柯城区院全体干警斗志昂扬、热情满怀，以检察机关规范化建设考评为契机，强化法律监督职能，规范内部监督管理，提高办案质量，努力开创检察工作新局面，朝着更高、更强的目标迈进。