南京航空航天大学飞行控制研究所是国内唯一的国防科工委高新工程定点建设单位，建设经费1750万元。八五以来，科研经费总额达4000万元，型号生产经费总额达3500万元。荣获国家科技进步奖 3次，荣获省部级科技进步奖12次。

飞行控制研究所具有各多种无人机飞行控制系统研制能力，处于国内领先地位，同时具有很强的配套仿真与测试设备的研制与生产能力。

飞行控制研究所成立于2001年，直属南京航空航天大学自动化学院领导，主要从事无人机飞行控制系统设计、研究与生产工作；博士、硕士研究生的培养，本科生的毕业设计和生产实习等教学工作。飞行控制研究所位于无人机设计大楼，总面积约为1200平方米，包括飞行控制系统设计、飞行仿真、系统集成测试等多个实验室和生产车间。飞行控制研究所拥有先进的系统设计、试验与测试设备，充足的教学、科研和生产经费，优良的教学和工作环境。

研究所教职工共25人，包括：研究员2人、副研究员(高工) 7人、助理研究员8人、助教(助工) 4人和工人6人，其中具有硕士研究生导师资格人员9人。