2003年，南宁市工商行政管理系统，充分发挥市场监督管理职能；围绕继续深入整顿和规范市场经济秩序的部署，从实践“三个代表”重要思想的高度，从适应加入世界贸易组织需要进一步提升市场档次和信誉高度，从维护公平竞争环境，改善经济发展环境，营造科学安全消费环境的高度，坚持标本兼治、重在治本的方针，全面开展各项专项治理行动。特别是在集贸市场专项整治工作中，既清查市场上的商品，更把工作重点放在清剿市场周边地区制假、售假、藏假的窝点方面，从源头上杜绝假冒伪劣商品。既加强对市场经营者的监管，更抓好对市场主办单位的监管，使市场主办单位成为市场秩序的第一责任人。收到了“重在治本”的效果。

南宁市工商局为适应监管大市场的需要，再次进行内部机构改革，调整基层组织和领导干部队伍。一是调整市局机关科室，将原设16个科室调整为9个科4个直属所，把业务指导与日常行政执法的职能分开。具体为：办公室、政治处、法规科、企业个体私营经济登记科、市场合同管理科、商标广告管理科、公平交易消保科、财务管理科、纪检监察室、企业管理所、商标管理所、广告管理所、合同管理所。二是科学合理设置基层分局。新设置南宁市工商局经济开发区分局；撤销公平交易局和巡查支队，设立经济检查支队；将和平分局、交易场分局分别改为和平工商所、交易场工商所，履行分局一级职能，但属下不再设置基层工商所。三是对基层科、所、队领导的任用选拔制度进行改革。通过竞争上岗，严格考核，有91名优秀年轻干部被任用。至年底，市工商局下辖2个县局，8个分局、2个直属工商所、1个执法支队，共有公务员917人。