农业部管理干部学院渔政分院的前身是农业部渔政干部上海培训中心。培训中心于1993年2月2日经农业部批准成立，由上海水产大学和农业部东海区渔政渔港监督管理局共同组建，归口中华人民共和国渔政渔港监督管理局管理，挂靠农业部东海区渔政渔港监督管理局。培训中心自成立以来，承担了全国渔政干部教材编写、渔政管理理论研究、渔政干部岗位培训、专业性培训和学历教育等工作，在渔政干部行政执法能力和人才队伍建设方面发挥了重要作用。

为进一步加强渔政系统干部教育培训工作，2008年初农业部管理干部学院和东海区渔政渔港监督管理局经协商研究，拟将培训中心更名为“农业部管理干部学院渔政分院”并于4月向农业部提出更名的请示，6月26日农业部办公厅作出《农业部办公厅关于农业部渔政干部上海培训中心更名的批复》（农办人（2008）45号）同意更名。

渔政分院作为农业部管理干部学院的分支机构，受东海区渔政渔港监督管理局和农业部管理干部学院双重领导。

渔政分院的成立，将有利于整合培训资源，充分发挥东海区渔政渔港监督管理局在渔政管理理论研究、渔政执法实践方面的专业优势和农业部管理干部学院在农业系统干部培训方面的师资等优势，有利于将渔政系统干部培训工作纳入农业部干部培训的整体规划之中统一管理，统筹安排，进一步提升培训的质量和水平。