三峡库区生态环境教育部工程技术研究中心于2009年7月获教育部批准建设，是生态学省级重点学科和生态学硕士点主要依托平台。该中心主要围绕三峡库区水污染控制与水华应急技术、三峡库区库岸防护与生态恢复、三峡库区生物资源保护与利用等研究方向，以自主开发与引进相结合，完成技术系统集成和工程示范，研发解决库区生态环境问题的成熟工程化技术，并实现技术转化，使中心成为技术研发转化与推广应用中心及人才培养培训基地。目前承担国家自然科学基金项目8项，国家973项目子课题1项，国家高技术863项目子课题1项，科技部“十一五”支撑项目1项，国家水体污染控制与治理科技重大专项子题2项，湖北省自然科学创新群体、青年杰出人才基金和湖北省教育厅中青年创新团队等其它项目20余项。近三年来获得湖北省科技进步及科技推广二等奖2项，湖北省自然科学三等奖1项，发表研究论文200多篇，其中SCI和EI 50多篇，获得具有自主知识产权的专利4项，出版专著3部。中心现与美国、爱尔兰等多个国外科研机构以及中国科学院化学研究所、中国科学院生态环境研究中心、中国科学院植物研究所、同济大学、武汉大学、中国长江三峡工程开发总公司等国内研究所、高校及企业建立了学术交流与合作研究。