上海中医药大学针灸推拿学院于1998年正式成立。上海中医药大学于1960年在全国中医院校中最早建立针灸专业；1974年建立针灸推拿伤科专业；1978年建立针灸推拿系；1982年在全国最早实行针灸、推拿独立招生，建立针灸系和推拿系；1998年正式成立针灸推拿学院。

作为全国最早建立的针灸推拿本科及研究生教育的基地，拥有国家中医药管理局重点学科、上海市教委重点学科的学院，近年来坚持大学的“高层次、教育研究型、外向型”的办学模式，不断适应社会需求，逐步扩大本科及研究生的教育规模，为社会培养了一批又一批的高级中医人才。目前开设专业及方向有：五年制针灸推拿专业、五年制针灸推拿学（康复方向）、五年制中医学类（骨伤方向）、七年制中医学针推英语班（与上海交通大学外语学院联合办学）。

学院拥有一支优秀的以博士生、硕士生导师为主的教学科研师资队伍，承担着本科生、研究生的教学和科学研究任务。针灸学课程获国家教育部精品课程。有多名教师获得“上海市名师奖”、“上海市宝钢奖”和“育才奖”先进个人等殊荣，以及上海市教委“优秀青年教师”光荣称号。

学院坚持以高层次、多学科交叉结合的发展思路，积极与上海复旦、交大、中科院技术物理研究所以及美国马里兰大学等国内外综合性大学和科研院所合作开展科学研究和人才培养及柔性流动，不断推动着科研水平提高和学科建设。在针灸经络基础、临床研究和针灸推拿诊疗技术的客观化、标准化研究等方面取得卓著的成就，先后获得多项国家教育部、卫生部、国家中医药管理局和上海市科技进步奖，并获得和转让专利多项。

学院还积极开展国际交流和合作，每年均派出教师赴东南亚和欧美地区国家讲学交流以及医疗合作。也接待多国学者和团体的学习访问，为中医走向世界作出积极的贡献。

2003年9月，随着上海中医药大学整体搬迁至浦东张江高科技园区，针推学院面临新一轮的发展机遇，将进一步坚持学校的办学方向，以教学、科研、科技产业一体化发展的思路，充分利用张江以及上海地区的教育、科技资源优势，主动适应现代医学模式转变和社会发展的需要，求真、务实、开拓、创新向着一流学院的目标前进。